A fines del siglo XVI un indio converso, de oficio escultor, se internó en el monte y se encontró con una partida de salvajes Mbayaes de los cuales logró escapar, ocultándose tras un grueso tronco. En los angustiosos momentos que pasó en su escondite, pidió a la Virgen salir con vida de aquella aventura. Libre de aquel riesgo, labró una imagen con el mismo tronco que le había cobijado como le prometió a la Virgen. En el año 1603 el lago Tapaicuá se desbordó e inundó todo el valle de Pirayú arrasando todo lo que estaba a su paso incluso la imagen de la Virgen. Sin embargo al retroceder las aguas milagrosamente apareció la imagen de la Virgen que el indio había labrado. Los pobladores comenzaron a difundir su devoción y comenzaron a invocarla con el nombre de "Virgen de los Milagros". Un devoto vecino, llamado José y carpintero de oficio, le labró una modesta ermita y en ella empezó a recibir culto la Virgen de Caacupé.